Dalam melaksanakan tugasnya, BPK RI mempunyai kewenangan untuk melakukan tiga jenis pemeriksaan, yaitu :
1. Pemeriksaan Keuangan
pemeriksaaan atas laporan keuangan pemerintah pusat dan pemerintah daerah. Pemeriksaan keuangan ini dilakukan oleh BPK RI dalam rangka memberikan opini tentang tingkat kewajaran informasi yang disajikan dalam laporan keuangan pemerintah. Laporan hasil pemeriksaan atas laporan keuangan pemerintah memuat opini.
2. Pemeriksaan Kinerja
pemeriksaan atas aspek ekonomi dan efisiensi serta pemeriksaan atas aspek efektivitas yang lazim dilakukan bagi kepentingan manajemen. Tujuan pemeriksaan ini adalah untuk mengidenrifikasikan hal-hal yang perlu menjadi perhatian lembaga perwakilan. Adapun untuk pemerintah, pemeriksaan kinerja dimaksudkan agar kegiatan yang dibiayai dengan keuangan negara/daerah diselenggarakan secara ekonomis dan efisien serta memenuhi sasaran secara efektif. Laporan hasil pemeriksaan kinerja memuat temuan, simpulan dan rekomendasi.
3. Pemeriksaan Dengan Tujuan Tertentu
Pemeriksaan yang dilakukan dengan tujuan khusus, diluar pemeriksaan keuangan dan pemeriksaan kinerja. Termasuk dalam pemeriksaan dengan tujuan tertentu ini adalah pemeriksaan atas hal-hal yang berkaitan dengan keuangan dan pemeriksaan investigatif. Laporan hasil pemeriksaan dengan tujuan tertentu memuat kesimpulan.