Masyarakat sering bertanya, mengapa pada kementerian tertentu terjadi korupsi padahal laporan keuangannya memperoleh opini Wajar Tanpa Pengecualian (WTP) dari BPK. Demikian pula, opini WTP dari BPK sering dijadikan tameng oleh pihak tertentu yang menyatakan bahwa di kementerian atau lembaganya tidak mungkin ada korupsi karena BPK memberikan opini WTP atas laporan keuangannya. Perlu diketahui bahwa dasar pertimbangan utama opini yang diberikan BPK terhadap laporan keuangan suatu instansi pemerintah adalah kewajaran penyajian pos-pos laporan keuangan sesuai dengan Standar Akuntansi Pemerintahan (SAP). Kewajaran disini bukan berarti kebenaran atas suatu transaksi. Opini atas laporan keuangan tidak mendasarkan kepada apakah pada entitas tertentu terdapat korupsi atau tidak. Jika misalnya dalam pemeriksaan ditemukan proses pengadaan barang atau jasa yang menyimpang dari ketentuan, namun secara keuangan sudah dilaporkan sesuai dengan SAP, maka laporan keuangan bisa memperoleh opini WTP.
Misalnya suatu instansi membeli mobil seharga Rp10 miliar. Seharusnya sesuai aturan, proses pengadaannya harus dilaksanakan secara tender, namun entitas tersebut melakukan penunjukan langsung. Jelas ini menyalahi aturan. Dalam laporan keuangan, entitas melaporkan pembelian mobil tersebut senilai Rp10 miliar, kemudian mencatat mobil tersebut dalam pos aktiva tetap. Penyajian laporan keuangan oleh entitas atas pembelian mobil tersebut sudah sesuai dengan SAP meskipun proses pengadaannya tidak sesuai dengan aturan.
Untuk menilai apakah pembelian mobil tersebut sudah ekonomis, efisien, dan efektif, BPK bisa melakukan pemeriksaan kinerja. Jika dari pemeriksaan keuangan BPK sudah melihat ada indikasi penyimpangan terhadap aturan, BPK juga bisa melakukan pemeriksaan investigatif untuk menilai apakah ada korupsi disitu.
Dengan demikian, dapat disimpulkan bahwa opini WTP tidak menjamin bahwa pada entitas yang bersangkutan tidak ada korupsi. Karena pemeriksaan laporan keuangan tidak ditujukan secara khusus untuk mendeteksi adanya korupsi. Namun demikian, BPK wajib mengungkapkan apabila menemukan ketidakpatuhan atau ketidakpatutan baik yang berpengaruh atau tidak berpengaruh terhadap opini atas laporan keuangan.