Kabupaten Morowali sebelumnya merupakan bagian dari Kabupaten Poso. Kabupaten Morowali menjadi salah satu daerah otonom bersama dua kabupaten lainnya di Propinsi Sulawesi Tengah berdasarkan Undang-Undang Nomor 51 Tahun 1999 tentang pembentukan Kabupaten Buol, Kabupaten Morowali, dan Kabupaten Banggai Kepulauan.
Luas daratan Kabupaten Morowali diperkirakan seluas 15.490,12 km2 atau 22,77 persen dari luas daratan Propinsi Sulawesi Tengah. Pada saat dibentuk pertama kalinya, Ibukota Kabupaten Morowali bertempat di Kolonodale. Sekarang, ibukota definitif (sesuai undang-undang) telah difungsikan sejak 2 Mei 2006, yakni di Bungku (Kecamatan Bungku Tengah). Sampai tahun 2009 Kabupaten Morowali memiliki 13 kecamatan dengan wilayah daratan yang terluas adalah Kecamatan Mori Atas yaitu 2.557,74 km2 atau 16,51 persen dari luas daratan morowali, sementara wilayah terkecil adalah Kecamatan Menui Kepulauan yaitu sebesar 223,63 km2 atau 1,44 persen dari total luas daratan Kabupaten Morowali. Sedangkan jumlah desa di Kabupaten Morowali sebanyak 240 desa, bila dirinci menurut topografinya, 169 desa berupa tanah datar, 71 desa berupa perbukitan.
Dan secara geografis, 132 desa berbatasan dengan pantai, 14 desa terletak di daerah aliran sungai/lembah, 29 desa di daerah lereng/perbukitan dan 65 desa terletak di daerah daratan. Dilihat dari posisi permukaan wilayah Kabupaten Morowali terletak pada pantai di perairan Teluk Tomori dan Telok Tolo, serta kawasan lainya terletak di kawasan hutan dan lembah pegunungan.