Kabupaten Tojo Una‐Una sebelumnya merupakan bagian Kabupaten Poso yang dimekarkan berdasarkan Undang‐Undang No. 32 Tahun 2003 tanggal 18 Desember 2003 dan peresmiannya dilaksanakan di Jakarta oleh Menteri Dalam Negeri atas nama Presiden Republik Indonesia pada tanggal 7 Januari 2004 bersamaan dengan 24 kabupaten lainnya di mekarkan saat itu. Kabupaten Tojo Una‐Una awalnya memiliki 8 kecamatan yang membawahi 6 kelurahan, 94 desa definitif 16 desa persiapan dan 2 desa yang berstatus UPT, sejak tahun 2005 terjadi pemekaran kecamatan sehingga kecamatan keseluruhan menjadi 9 dengan 6 kelurahan serta 111 desa dan 2 UPT.
Wilayah Kabupaten Tojo Una‐Una terdiri atas wilayah daratan dan wilayah kepulauan dengan luas wilayah daratan 5.721,51 km2 atau 572.151 Ha dan luas laut 3.566,21 km2, dengan panjang pantai + 951,115 km yang mana wilayah daratan terdiri dari 5 (lima) Kecamatan yakni Kecamatan Tojo, Kecamatan Tojo Barat, Kecamatan Ulubongka, Kecamatan Ampana Kota dan Kecamatan Ampana Tete serta wilayah kepulauan terdiri dari 4 kecamatan yang terdiri dari Kecamatan Una – Una, Kecamatan Togean, Kecamatan Walea Kepulauan dan Kecamatan Walea Besar.